Nous sommes en l'an 2552. L' Humanité est depuis longtemps en guerre avec la terrifiante civilisation extraterrestre des Covenants. Pour cet abominable ensemble d'espèces hétéroclites et belliqueuses, l' Humanité représente une hérésie, une insulte à leur religion. Selon cette religion, les fidèles sont destinés à accomplir le "Grand Voyage"; or le Voyage ne peut débuter qu'avec le déclenchement d'un dispositif d'armes gigantesques, semblables à des anneaux et dispersées à travers la Galaxie.
Ces immenses anneaux terra-formés, les Halos, ont été abandonnés par leurs mystérieux créateurs, les Forerunners, disparus depuis longtemps.
Ce conflit déjà destructeur n' a fait que de gagner en ampleur et en complexité au fil des événements : les Humains ont d'abord découvert l'un de ces mondes artificiels. Menées par Spartan 117, alias le Major, dernier représentant du légendaire programme militaire SPARTAN II et plus grand espoir de l' Humanité, les forces armées humaines ont détruit ce Halo.
Puis un affrontement autour d'un deuxième Halo a provoqué un choc à travers toute la galaxie. La révélation que les Prophètes, la caste dirigeante des Covenants, trompaient délibérément leur population a causé une guerre civile.
Les Halos n'étaient pas là pour accompagner les Covenants dans leur " Grand Voyage ", mais pour détruire toute forme de vie de la Galaxie, une défense désespérée face au plus grand danger que le monde ait jamais connu. Cette menace, les Covenants l'ont réveillée pour la seconde fois en cent mille ans.
Cette horreur a pour nom le Parasite ( ou les Floods ), une forme de vie intelligente qui dévore et transforme ses victimes en marionnettes abominables. Il ne s'arrêtera pas avant d'avoir assimilé toutes les formes de vie de la Galaxie.
Le second Halo a été activé et tous ses systèmes se trouvent dans un dangereux état de standby, désormais parés à faire feu. Pire encore : dans leur recherche de l'origine des Halos, les Covenants ont fini par découvrir l'emplacement de la Terre. Persuadés de pouvoir trouver des informations sur les Halos cachées dans les entrailles de la planète depuis des milliers d'année, ils ont écrasés la quasi-totalité de la résistance humaine.
Même avec l'aide de nos nouveaux alliés, l'honorable Arbiter et ses Élites, nous sommes dans une situation désespérée. Les Prophètes dirigent leur volonté perverse contre nous et des puissances plus grandes encore que les Covenants préparent la destruction de toute vie.
A bord d'un vaisseau Forerunners, le Major fonce vers la Terre. Il représente notre dernière chance contre le Parasite, les Covenants et la gigantesque bombe à retardement que constitue le réseaux de Halos. Jamais l'enjeu n' a été aussi important.
Il est temps de faire le ménage !